医疗?健康
细胞间相互作用による遗伝子発现を推定する解析手法を开発
(Image by Meletios Verras/Shutterstock)
私たちの身体は多种多様な细胞から构成されており、それらが互いに相互作用しあって、発生プロセスが适切に进行するとともに、组织?臓器の恒常性が维持されています。この细胞间相互作用が破绽すると、疾患につながることもあります。
一方、同じ种类の细胞型であっても细胞ごとに発现が変动する遗伝子があることが知られています。これらの遗伝子の中には、细胞の机能に関与するものも多くあるため、细胞集団全体の机能や疾患の発症にも影响します。このような、细胞间での遗伝子発现変动には、细胞间相互作用が関连することがいくつかの例で知られていたものの、复数の细胞型が遗伝子発现に与える影响を网罗的に调べる方法が存在せず、その全貌は明らかではありませんでした。
本研究では、细胞の机能と空间座标を同时に计测する１细胞空间トランスクリプトームデータを用い、近傍の细胞が互いに遗伝子発现に与える影响を推定する情报解析手法颁颁笔尝厂を开発しました。この手法は、ある细胞型に着目した际の、近傍の细胞型の种类と、それによる遗伝子発现との関连を推定するものです。シミュレーションテ?ータを用いた评価実験を行ったところ、颁颁笔尝厂か?细胞间相互作用を精度高く推定できることが分かりました。また、脳や大肠における実データへの适用例から、具体的な细胞间相互作用を抽出することができ、本手法の有効性が示されました。
颁颁笔尝厂は１细胞空间トランスクリプトームデータ全般に适用可能であり、细胞の微小环境に着目した创薬标的探索などへの応用が期待されます。